Aglonas internātvidusskolas vēsture sākās 1956. gadā, kad tika nodibināta Aglonas internātskola. Tā darbojās ēkā, kas tika uzcelta laika posmā no 1928. līdz 1939. gadam pēc arhitekta Blankenburga projekta Aglonas ģimnāzijas vajadzībām. Otrā pasaules kara laikā ēka stipri izdega un pēc ēkas atjaunošanas (skat. bildes)1956. gadā tajā sāka darboties Aglonas internātskola. Padomju varas gados skola izcēlās ar bagātām izglītības tradīcijām. Ilgu laiku skolu vadīja Francis Kokins, kurš par izcilu darbu saņēma valdības apbalvojumus. Pa šiem attīstības gadiem skola bija paplašinājusies un klāt bija nākusi liela internāta ēka, ēdināšanas korpuss, pirts, kā arī daudzas palīgēkas.
1992. gadā pēc akreditācijas Aglonas internātskola mainīja nosaukumu un kļuva par Aglonas internātģimnāziju. Skolas izaugsmi raksturoja skolēnu skaita dinamika, kurai bija tendence regulāri pieaugt kopš 1992. gada.
Diemžēl skolas izaugsmi apturēja 1995. gada notikumi, kad , vienojoties ar valsti, skolas ēkas savā īpašumā ieguva katoļu baznīca. 1995. gada septembrī Ministru prezidents Māris Gailis un Rīgas metropolijas kūrijas arhibīskaps Jānis Pujats parakstīja vienošanos par skolas nodošanu katoļu baznīcai un pārveidošanu par katoļu ģimnāziju. Tam pretojās skolas kolektīvs un skolas dibinātājs Preiļu rajona padome. Tika savākti pietiekoši pierādījumi par skolas ēku celšanu no valsts līdzekļiem, kā arī apstrīdēts viltotais Aglonas pagasta padomes lēmums par īpašumtiesību atjaunošanu uz Aglonas internātģimnāzijai piederošām ēkām.
Tiesāšanās process sākās 1996. gada maijā. No 1997. gada aprīļa tiesā savu prasību pieteica valsts. Mainoties valdībām, valsts no tiesvedības atteicās un 1999. gadā skola zaudēja tiesas procesu, kā arī, pēc tiesu izpildītāju pieprasījuma, bija spiesta telpas atstāt.
Lai saglabātu skolu, 1999. gada vasarā tika sameklēts vienīgais Aglonas apkārtnē iespējamais variants, kur turpināt savu darbību. Aglonas internātģimnāzijas kolektīvs pārcēlās uz Jaunaglonas lauksaimniecības skolas neizmantotajām telpām, kas vairākus gadus stāvēja tukšas. Par skolas centrālo ēku tika izvēlēta bijušā lauksaimniecības skolas kopmītņu ēka, kas būvēta piecdesmito gadu vidū vācu armijas uzspridzinātās Jaunaglonas sieviešu ģimnāzijas kopmītnes vietā.
Celtniecības darbi sākās 2000. gadā, saņemot finansiālu atbalstu no Preiļu rajona padomes un valsts. Celtniecība ieilga līdz 2004. gada septembrim, kad pilnībā tika nodoti ekspluatācijā visi trīs skolas ēkas stāvi. Celtniecības laikā skolēni mācījās pagaidu telpās, kas nebija piemērotas normālam mācību darbam. To visu vēl sarežģīja tiesvedība starp Rīgas metropolijas kūriju un Zemkopības ministriju par īpašumtiesībām uz skolas ēku. Par laimi tiesvedība beidzās ar ministrijas uzvaru un pamatotām skolas cerībām uz savu skolas ēku.
